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学术资源与网络技术分享

蛋白质数据库大全

蛋白质数据库
1.UniProt (The Universal Protein Resource)
网址:http://www.uniprot.org/
简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成,提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等,同时提供其他数据库,包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。[阅读全文]

生物信息学资源与数据库集锦

1.综合性数据库 - 几乎每天都要用的 NCBI PubMed- 什么?你不读文献? GenBank - 所有生物序列都"应该"提交到这里。只是"应该",是因为高通量测序的发展让这个事情不太现实,就有了下面的SRA干了部分的活。 GEO (Gene Expression Omnibus / SRA (Short Read Archive) - GEO最初建立主要是用于收集microarray数据的。[阅读全文]

post-hoc test 检验

首先要看做的是两样本的t检验,还是多个样本的平均数检验。如果是多个样本的平均数差异比较,应该要做单因素方差分析(one-way analysis of variance (ANOVA)),如果方差分析结果差异显著,就要做两两样本之间的多重比较(post-hoc test),一般采用LSD法(即两独立样本t检验)或SNK法、Duncan法等多重比较方法。[阅读全文]

计算化学分子模拟免费的在线数据库及计算工具

这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助,有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关,所以列表中包含不少偏生物的内容。[阅读全文]

组氨酸HIS-HID-HIE-HIP构象名称

组氨酸是含有咪唑官能团的碱性氨基酸, 氨基酸上有两个可质子化位点, 另外还可以通过共振产生异构体。
根据质子化和状态和共振状态, 共有HID(离侧链近的带H)-HIE(离侧链远的带H)-HIP(两个N都带H)三种具体状态, 而一般所见HIS只是代表他是组氨酸, 但不确认具体异构体结构。[阅读全文]

常用的ROS 活性氧抑制剂或ROS清除剂

常用ROS(Reactive oxygen species)活性氧抑制剂或ROS清除剂
NAC:ROS scavenger
Apocynin:ROS generation inhibitor
DPI (diphenylene-iodonium chloride):二联苯碘,NADPH oxidase inhibitor
Catalase:可通过Catalase质粒转染细胞过表达Catalase[阅读全文]

难溶化合物药物的助溶剂及万能溶剂配制

配方一:
难溶药物贮备液 (PK用): 精密称取1mg药物,用20%药用PEG300(或PEG400)和80%Na2CO3缓冲溶液混合液配成1mg/ml(根据自己的给药量来配,这里只是举例说明)。[阅读全文]

SYBYL分子对接出现“Unable to find necessary files”错误的解决方法

用SYBYL-X 2.1.1 做分子对接时,Dockingrun可以顺利进行,在Job control 的状态提示中可以看到已经是“complete”,完成度也显示为100%。但通过Docking Suites——Analyze results 打开分子对接的结果文件夹时,弹出“Unable to find necessary files”的错误提示。[阅读全文]

SYBYL 中逐个查看docking分子对接生成的每个分子的构象

SYBYL 中查看mleucular docking分子对接结果时,在results browser 中默认情况下显示的是打分最高的分子的构象。如果需要查看对接过程中生成的所有的分子构象,则需将Score 下拉菜单后面默认选中的“Molecule”改为“Table”,再点选分子即可弹出结构列表。[阅读全文]

阳离子-π(pi)相互作用

一、 非共价相互作用
范德华力、氢键、π-π、阳离子- π相互作用
二、 阳离子- π作用
阳离子- π作用是一种存在于阳离子和芳香性体系之间的相互作用,被认为是一种新型……[阅读全文]

Sybyl X 只显示蛋白质部分氨基酸残基及其序号

在SYBYL X 2.0中,若只需要显示蛋白质部分氨基酸残基,可按照如下方法操作:
在sybyl 菜单栏灯泡按钮(show only)--select atoms。[阅读全文]

一个输入文件错误的导致的Gaussian计算l301终止

Gaussian计算时的错误信息如下:
There are 470 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
Integral buffers will be 131072 words long.[阅读全文]

Gussian输出文件溶剂化自由能的读取

DeltaG (solv) 用Total free energy in sol.(液相中的总能量)减去 (气相中的SCF能量)就可以得到了。也等于Total Electrostatic 和Total non electr相加。
这个文本中的例子之所以会直接打印出DeltaG(solv)这一项结果,是因为在输入文件的关键词部分加入了SCFVAC,并非IEFPCM模型的输出结果中没有DeltaG(solv)这一项……[阅读全文]
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