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Linux系统Gaussian高斯的安装与出错信息

以下安装方法在32位或64位的Red Hat Enterprise Linux操作系统测试过,适用的高斯版本为Gaussian 03 C02 for PC-Linux-IA32 以及g03e01-em64t等。
一.将g03d02.tar.gz解压到 /home/userid/ 下,得到/home/userid/g03文件夹(其中userid为当前用户名)。解压缩的命令为:tar zxvf g03_c02_lin.taz

二.在Linux系统中安装Gaussian03
1.在/home/userid/g03/下建立scratch文件夹作为保存临时文件的目录。

2.打开bashrc文件。方法为:
打开终端,输入命令为vi /home/userid/.bashrc

3.在.bashrc文件末尾加入以下语句并保存:

# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/userid/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH


说明:
G03ROOT定义为g03解压缩后的根目录,也就是g03、l502.exe等一大堆可执行程序所在的目录;
GAUSS_EXEDIR为gaussian可执行程序的路径,通常和G03ROOT相同;
GAUSS_SCRDIR为存放临时文件的目录,所在的硬盘空间应当比较大,一般需要在根目录tmp或scratch下创建自己的子目录,故也可设置为/home/userid/g03/scratch;
LD_LIBRARY_PATH定义gaussian运行需要的一些库函数所在的位置,一般同G03ROOT;
PATH也是gaussian可执行程序的路径,但功能和GAUSS_EXEDIR变量不同。它是一个系统变量,定义了以后,无论何处运行gaussian03,只要输入“g03”就可以了,免去了输入绝对路径的麻烦。
在安装的时候用户通常只需要修改G03ROOT和GAUSS_SCRDIR路径。
如果shell是csh,编辑.cshrc文件,变量的定义类似,但是用setenv而不是export,格式为:setenv 变量名 赋值

注:如果不知道怎么编辑vi,可以在进入之后按“i”,然后将上述语句粘贴到末尾,完毕之后按ESC键结束编辑返回命令状态。在此状态下输入“:x”或“:wq”并回车即可保存并退出.bashrc文件的编辑。

4.自动退回到终端命令行模式下后,输入“bash”,如果不提示错误一般就表示设置成功了。

三、运行Gaussian03的方法

打开终端,cd到存放输入文件的目录,输入“g03 test.gjf &”后回车即可运行,注意要输入后台操作符“&”。

安装完高斯gaussian运行后的错误提示及可能的解决方法

1.出现“cannot execute binary file”的错误提示
很有可能安装的高斯版本与当前linux系统的位数不符合,比如64位的高斯装在32位系统上就会出这样的错误提示。也有可能是安装文件错误或操作系统缺少某些库。

查看当前redhat Linux版本是32位还是64位的命令:
用getconf LONG_BIT,而非getconf WORD_BIT。32位模型下,一般是ILP32,即int,long,pointer都是32位长; 64位模型下,一般是LP64,即long,pointer是64位,而int可能还是32位,也可能是64。
此外,也可以使用命令“uname -a”或“uname -m”,若结果里有i386或者i686则表示当前Linux系统是是32位的,若结果中有x86_64则表示是64位的。

2.“Probably out of disk space”错误提示
具体为:
Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director
有可能是GAUSS_SCRDIR部分对应的临时文件夹的权限有问题,用chmod 777 -R foldername 命令可以解决权限为题。另外,如果是Red Hat 的话,在root权限下输入以下语句或者在/etc/rc.local文件末尾加入:
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

3.no such file or directory
安装完毕运行g03时出现了“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”或者“g03 :commands is not found”的错误提示,有可能是没有正确设置Gaussian的路径。对照着重新设置,最后再重新source一下bash或csh文件。
另外,我还遭遇过这种情况:无法在/tmp/文件里创建文件,原因是不知什么时候被我把/tmp/userid/这个目录删除了。这是只要在/tmp/下新建一个具有读写删除权限的名为userid的目录即可解决问题。注意,这里userid泛指当前登录计算机的用户名。
以下版权声明必须遵守,转载时必须以链接的形式注明如下信息:
原载于 散人笔记
原文地址 http://www.eryi.org/blog/post/install-gaussian-linux.html
  1. 席月调琴  

    太感谢了

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