散人笔记

之前介绍过Gaussian高斯的安装方法，下面整理一下运行Gaussian时一些细节和需要注意的地方，以及Gaussian计算中内存和cpu的设置方法，如有不对之处，还请留言指出。如果没有特别说明，本文中都是在Linux环境下进行操作。

Linux下运行高斯Gaussian 03的命令
只在后台运行并输出为test.log文件：

g03 test.gjf &

需要在屏幕上显示并输出为test.out文件：

g03 < test.gjf |tee test.out

不在屏幕上显示并输出文件为test.out文件：

g03 < test.gjf >test.out &

在Linux中对当前目录下所有Gaussian gjf输入文件用g03进行批处理
在 Linux中批处理运行Gaussian 03的shell脚本如下：

#!/bin/bash
for  inf  in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr "gjf" "out"`
g03  <  ${inf}  >  ${outf}
done

作用：把当前目录下所有的gjf文件用g03 计算，文件扩展名自动改为out。
上述脚本解析

#!/bin/bash

在shell 脚本中，以#开头的行是注释，但在文件最开始的以#! 开头的行指定解析这个脚本所用的程序。此处是bash，还可以是csh,python, tcl等若干。

for inf in *.gjf
do
… …
Done

循环，变量为inf，变量取值为当前目录下的所有*.gjf 文件。

outf=`echo ${inf}|tr"gjf" "out"`

${inf}: shell中变量取值时候需要在前面加$, 当变量名为多个字符时候最好用{}
echo ${inf}: 显示inf 的值，此处在每次循环时候为某一个*.gjf 的文件名
echo ${inf}|tr "gjf""out" : 把inf 替换为out，为同windows 下的g03兼容，用out做后缀
outf=`echo ${inf}|tr "gjf""out"` :给outf 赋值

g03 < ${inf} >${outf}

用g03 计算，从inf 输入，outf 输出

g03进行批处理gjf文件脚本的使用方法
1.将脚本文件另存为batch_g03.sh，然后用chmod命令给它加上可执行权限：
chmod u+x batch_g03.sh
2.把批处理脚本文件放到一个PATH 包含的路径下面（如g03目录下）
3.从终端进入存放gjf输入文件的目录，然后输入“batch_g03.sh &”即可依次计算改目录下的所有gjf 文件。
4.最后输入 exit命令关闭终端即可。
注：也可以直接batch_g03.sh批处理脚本直接放到gjf文件所在目录里面，然后输入./batch_g03.sh亦可执行批处理。
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原载于 散人笔记
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