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SYBYL 中逐个查看docking分子对接生成的每个分子的构象

SYBYL 中查看mleucular docking分子对接结果时,在results browser 中默认情况下显示的是打分最高的分子的构象。如果需要查看对接过程中生成的所有的分子构象,则需将Score 下拉菜单后面默认选中的“Molecule”改为“Table”,再点选分子即可弹出结构列表。
但是,如果需要在对接口袋中逐一查看每个分子的构象,则需要进行如下操作:
保持“Molecule”为选中状态,选择“results browser” 窗口面板右侧的放大镜按钮(图1)。这时面板上方的“Examine N Poses”的滑动条就被激活了,通过滑动条或者其后面的箭头即可在当前窗口中逐个查看生成的每个构象(图2)。

分子对接结果1
图1 Results browser面板

分子对接结果2
图2 Results browser面板2

但是查看后面的构象的时候,前面的构象始终会叠在一起。如果只需显示其中一个构象,则可以通过选择工具栏的选中多余的构象(图3),然后再通过显示/隐藏工具按钮的“undisplay selected atoms”功能隐藏选中构象(图4),这样留下来的就是需要的分子构象了。

图3:扩展选择对象至substructure


图4:隐藏工具

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原载于 散人笔记
原文地址 http://www.eryi.org/blog/post/sybyl-docking-results-molecules.html
  1. 分子模拟  

    谢谢啊,我以为SYBYL 没这个功能呢。

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