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SYBYL中通过minimize批量优化分子结构的方法

这里的优化,指的是在SYBYL中通过“minimize”操作优化分子得到能量较低的初始构象。

在SYBYL中,通过主窗口的“Compute-Minimize-Molecule”方式一次只能优化一个分子。如果有多个分子需要minimize,通过这种方式则很费时费力,而通过将分子装入MMS spreadsheet 中的方法则可以进行批量优化。具体如下:

1、同时打开多个分子,然后将所有分子保存为一个*.mol2文件。注:也可以把所有分子input到一个*.mdb数据库中。
2、Chlear All清空当前窗口的所有内容,然后通过File—Open 打开刚才保存的*.mol2文件。此时sybyl会提示是将分子load到Molecule Area 中还是Spreadsheent 中,这里我们选“Spreadsheent”。再给新生成的Table名个名,所有分子即在MMS Spreadsheent中显示了。
3、在MMS Spreadsheent窗口中选择Compute菜单——Minimize,设定好参数之后即可开始批量优化表格中的所有分子了。
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原载于 散人笔记
原文地址 http://www.eryi.org/blog/post/sybyl-minimize-molecules.html
  1. dt  

    貌似moe和ms都能实现

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